پدربزرگ پدری فرانسیس فوکویاما در سال ۱۹۰۵ برای فرار از جنگ روسیه و ژاپن به ایالات‌متحده آمد. او فروشگاهی را در لس‌آنجلس باز کرد، اما به دلیل اخراج از کشور طی جنگ جهانی دوم این فروشگاه را از دست داد. پدر فوکویاما، یوشیو در سال ۱۹۲۱ متولد شد و به همراه خانواده‌اش از کشور اخراج نشد، بلکه درعوض بورسیه‌ای را کسب کرد تا به تحصیلاتش در نبراسکا ادامه دهد. او به تحصیلاتش ادامه داد و به‌عنوان کشیش وابسته به کلیسا آموزش دید و از دانشگاه شیکاگو دکترای جامعه‌شناسی گرفت و در حکم یکی از اعضای هیئت علمی مدرسة الهیات شیکاگو خدمت کرد. یوشیو در شیکاگو با توشیکو کاواتا آشنا شد که در کیوتو بزرگ شده بود. او دختر شیر و کواتا یکی از اقتصاددان برجستة ژاپنی و رئیس دانشگاه شهرداری اوساکا بود. آنها در ۱۹۵۰ ازدواج کردند و فرانسیس فوکویاما در ۱۹۵۲ متولد شد. او تا زمانی که خانواده‌اش در ۱۹۶۷ به دانشکدة ایالتی پنسیلوانیا نقل مکان کنند، عمدة دوران کودکی را در نیویورک سپری کرد.