با آغاز سال ۱۹۴۳ آلمان، به خصوص وزارت امور خارجه بر فشارهای خود برای گسترش تدابیر یهودی‌ستیزانه به یونان افزود. در فوریه دولت بلغارستان با من انتقال یهودیان از تراکیه موافقت کرد؛ اتفاقی که در ماه بعد آغاز شد و در جریان آن بیش از ۴٬۰۰۰ نفر به تربلینکا منتقل شدند. اندکی بعد انتقال یهودیان در بخش زیر اشغال آلمان نیز آغاز شد. در ماه‌های مارس و آوریل حدود ۴۸٬۰۰۰ نفر به آشوویتس منتقل شدند که بیش‌ترشان پس از رسیدن به اردوگاه، بی‌درنگ روانة اتاق گاز شدند. اعتراضات رسایی که از جانب نمایندگان برجستة مردم غیریهودی، از جمله استادان و اسقف اعظم آتن، برخاست، بی‌نتیجه خاموش شد. اعتراض دولت دست‌نشاندة يونان نیز سرنوشت مشابهی داشت. تنها با مداخلة شجاعانة کارمندان کنسولی ایتالیا در سالونیک چندصد یهودی به طور قاچاقی به منطقة ایتالیایی منتقل شدند که دست کم چند صباحی در امنیت بودند، زیرا دولت ایتالیا همچنان از این‌که پیگرد یهودیان را به قلمرو سرزمینی خود گسترش دهد سر باز می‌زد.

با تسلیم شدن ایتالیا دوران امنیت نسبی یهودیان در یونان مرکزی نیز به سر رسید. در سپتامبر ۱۹۴۳ آلمان مناطقی را که پیش‌تر در ادارة ایتالیا بود اشغال کرد و در بهار ۱۹۴۴ بیش از ۵۴٬۰۰۰ یهودی‌ای که تا آن زمان در پناه ایتالیا بودند نیز به آشوويتس منتقل شدند. تنها کم‌تر از ۲٬۰۰۰ نفرشان پس از جنگ به زادگاهشان بازگشتند.